Тодд захватил земной крейсер Дедал, и мчится на нем к лаборатории Януса, чтобы отключить некое устройство Аттеро. Шеппард из Зеленкой узнав о захвате их корабля, присоединяются к судну кочевников, которое находится под командованием Катаны. Если они не cмогут достигнуть лаборатории Януса прежде, чем это сделает Тодд, Дениел и МакКей, возможно, не выживут...

Когда Рейфы угрожают группе беженцев, переселяемых Атлантидой, команда должна убедить коренных жителей планеты не передавать вновь прибывших.

Экспедицию Атлантиды ставят перед судом за преступления против Галактики Пегас.

Майкл со своими гибридами прорывается в Атлантиду, используя Падл-Джампер он производит волну энергии, которая блокирует вход в диспетчерскую. Шеппард с Лорном пытаются отбить ее и если они не смогут найти путь мимо лукавой обороноспособности гибрида рейфов, Майкл будет иметь полный контроль над системами Атлантиды, включая самоликвидирование.

Шеппард приходит в сознание, находясь в лесу на материке новой планеты Атлантиды. Его руки и ноги связаны, пока он пытается освободится, в Атлантиду прибывает новый член экспедиции доктор Ванесса Конрад. После освобождения Джон понимает, что к его похищению причастен Акастус Коля, который как считалось погиб два года назад.

Родни неохотно возвращается на Землю, чтобы засвидетельствовать триумф своего конкурента, но что то пошло не так, и он должен помочь исправить погодное устройство.

Сигнал бедствия с улья Рейфов над Атлантидой приводит команду к обнаружению экипажа Рейфов в стазисе, пораженных болезнью, причиной которой, частично стала генная терапия доктора Келлер.

Доктору Келлер поставлен диагноз психологического расстройства. Однако, мало кто из экспедиции на Атлантиде осознает, что она подверглась воздействию технологии обмена телами, для которой не требуется, чтобы объект был в непосредственной близости. Тем временем, сознание Келлер сталкивается с безнадежной борьбой за выживание внутри тела разыскиваемой беглой преступницы по имени Нива.

Детектив Джон Шеппард и агент ФБР Ричард Вулси вовлечены в расследование нескольких убийств в Лас-Вегасе, причиной которых несомненно стали Рейфы.

Команда узнает, что ненасытные Рейфы сумели приобрести несколько МНТ для усиления еще более устрашающего корабля-улья - и теперь он направляется к Земле.