5 сезон Атлантиды вышел на DVD и отправился в продажу. И одной из особенностей этого DVD издания, конечно же, являются удаленные короткометражные сцены.
Все эти сцены были не закончены с точки зрения музыки, звука и визуальных эффектов. Особенности и многие из сцен комментируются Мартином Джеро, и другими авторами. Вот их небольшое описание.

Часть 1, Диск 4

В этом эпизоде были вырезаны три сцены, представляющие Капитана Алисию Вегу как нового персонажа. В первой сцене Вега жалуется Картер, что она была уже неделю на Атлантисе и ее до сих пор не назначили в команду. Алисия является сильной и Сэм все же решает взять ее на задание. Вторая сцена - более длинная версия представления Веги, где та подбивает хорошим выстрелом из автомата стрелу рейфов. В этой сцене она получает похвалу. Мартин Джеро считает, что «Звездные врата» являлись такими гетеросексуальными, что ему захотелось, чтобы Алисия была лесбиянкой. Но, так как Келлер была единственной женщиной на показе (неужели?), она была той, для кого пришла Вега. И вот, третья вырезанная сцена: Алисия болтает с Дженнифер о том, как бы можно развлечься на Атлантиде. И все сходится на том, что Вега предлагает купить ей попозже напиток. Келлер соглашается, говоря, «как только появится свободное время, так сразу». Дженни кажется озадаченной в связи с таким предложением.

В вырезанной сцене присутствует Шеппард, Ронон и Тейла, обсуждая Вулси, после их первого заседания в зале для брифинга. Эммаган и Дексу он совершенно не нравится, а Шеппарду остается сказать, что могло быть намного хуже и Вулси все же лучший вариант. Но Ронон все равно не убежден в этом.

Показана сцена, где Ронон борется с Тайром намного дольше, чем в обычной сцене, а Шеппард отстреливается из пистолетов от рейфов.

Брэд Райт написал сцену, чтобы помочь настроить нас на «Звездные врата Вселенная», которая была вырезана. В этой сцене Зеленка ловит в коридоре МакКея на пути к миссии, где он заразился. Радек пытается сказать, что девятый шеврон может позволить путешествовать миллионы световых лет через вселенную, а не только через галактику. Родни полностью отвергает эту идею, и сцена заканчивается забавным обменом взглядами между Рононом и Тейлой, которые наблюдали за их обсуждением.

Часть 2, Диск 5

Сцена, введенная Джозефом Малоззи, является намного более длинной той, где Карсон упаковывает вещи, чтобы покинуть Атлантиду, собираясь стать бродячим доктором. Родни приводит доводы против этого, Беккет только говорит, что ему хотелось бы взять своих черепашек с собой, а погрустневший МакКей начинает описывать их природу, так как клону Карсону действительно эти черепашки никогда не принадлежали. Беккет смягчается и разрешает Родни держать черепашек у себя, которых зовут Джеффри и Мишель. И только после этого появляется Шеппард.

Джозеф Малоззи вводит всю вырезанную сцену, где Сяу расспрашивает Вулси обо всех его ошибках. Вопрос был затронут Келлер: почему Вулси решил не убивать ее, когда она была заражена инфекцией рейфов. Или почему он разрешил Ронону остаться свободным после преданности клятве, касающихся рейфов; зачем он разрешил репликатору установить для себе материальную форму на Атлантиде. А Ричард объясняет, как и почему он перестал следовать правилам по управлению городом, установленным для него.

Джеро вводит три сцены, которые были вырезаны в течение некоторого времени. Первая – короткая прогулка Джона и Ронона на пути к столовой, где они спорят о ценностях видеоигр. Шеппард гарантирует Дексу, что на планете, где они занимаются серфингом, не будет никаких таких игрушек. Вторая сцена – разговор между МакКеем и Танней возле доски о потенциальных решениях их затруднительного положения. Третья вырезанная сцена – Билл Най, который играет самого себя, говорит с аудиторией о том, как научная фантастика напоминает нам, что мы можем сотрудничать, чтобы решить наши реальные планетарные проблемы.