Атлантийцы вновь встречаются с Люшисом Лавином, который теперь на другой планете манипулирует непросвещенными жителями. Команда Шеппарда обнаруживает, что в своих "героических" инсценировках обманщик использует бывших гвардейцев Кауэна, после переворота работающих по найму. Тогда же на планету со своим личным интересом прибывает Акастус Коля.

Благодаря машине Древних, у МакКея возросли умственные способности. Его мозг может понимать вещи, которые остальным не подвластны. Он хочет перепрограммировать использование Атлантидой МНТ, а остальные даже не представляют, что он делает. Позже выясняется, что машина Древних была предназначена для изменения ДНК, чтобы приблизить человека к вознесению. Но ментально к этому нужно было готовиться всю жизнь. Если подвести тело к вознесению, когда мозг будет к этому еще не готов, человек просто умрет...

Шеппард и МакКей играют в компьютерную игру Древних, где нужно строить свою цивилизацию. Уже 2 года МакКей развивает свое Королевство Гелдар технологически, во главе его стоит очаровательная Нола, подозрительно похожая на Саманту Картер. Но, оказалось, что это вовсе не игра. Эти горожане на самом деле реальные люди и проживают на одной из планет в галактике Пегас. Команда Шеппарда попадает на эту планету, где в Родни признают Оракула, и просят помощи в борьбе с Хелоной, агрессивной соседней страной, которую развивал Шеппард в игре.

Команда Шеппарда обнаруживает в луне одной из планет космическую станцию, где устройство телепортации Рейфов было трансформировано в устройство хранения людей. Сама планета была полностью уничтожена - цивилизация выбрала такой путь, чтобы спастись от Рейфов. Первым просыпается создатель устройства - Герик, но он обнаруживает, что его семьи нет рядом. Тогда он пробуждает лидера своего народа – Джеймуса, и тот сообщает, что его семью спасти не успели. Тогда Герик решает, что и всему остальному народу жить не стоит.

Воскресенье на Атлантиде впервые объявлен всеобщим выходным. Но не все находят себе занятие, чтобы отвлечься от работы. Молодому ученому Майку Брентону с трудом удается уговорить Элизабет оставить работу и пообедать с ним. Как она ни сопротивлялась, но закончился обед на одном из живописных пирсов Атлантиды. Вейр не знала, как реагировать, когда Майк начал целовать ее, однако в это время поступило сообщение о сильнейшем взрыве в городе.

МакКей обнаруживает, что Древние работали над альтернативой МНТ. У них была глубоководная буровая платформа, извлекавшая энергию магмы планеты. Атлантийцы отправляются туда, чтобы попытаться активировать ее. Неожиданно Тейла начинает чувствовать присутствие Рейфа.

Таранцы, старые знакомые атлантийцев, неожиданно перестали выходить на связь. Команда Шеппарда отправляется на планету и обнаруживает поселение совершенно оставленным. В лабиринтах под поверхностью планеты атлантийцы обнаруживают множество мертвых тел. Нечто начинает охоту и на них. Позже они узнают, что попали в ловушку, устроенную их старым знакомым.

В Атлантиду прибывает новый земной корабль "Аполлон" с полковником Эйбом Эллисом. На Земле узнали, что Репликаторы во всю строят флот, чтобы снова попытаться захватить Атлантиду, но на этот раз они используют обычный материал вместо "клеток" Репликаторов. Поэтому на Земле решили, что Атлантида должна первой нанести удар по Репликаторам. Тем временем Асгарды смогли создать спутниковое оружие, способное уничтожить всех Репликаторов на поверхности планеты. В Зоне 51 пытаются повторить открытие. И лишь доктор Вейр беспокоится по поводу всего этого плана - ведь они официально начинают войну. Притом войну против очень могущественного врага.

Майор Шеппард спасен подоспевшим на помощь Атлантиде земным крейсером Дедалом. Корабль привез на Атлантиду МНТ, над городом поднимают щит. В это время в городе найден лейтенант Форд, Рейф успел ввести в него фермент, который изменил Эйдена. C помощью ядерного оружия Дженаев и лучевой технологии Асгардов, Дедал сбивает несколько кораблей, но оставшихся слишком много.

Доктор Вейр, доктор МакКей и подполковник Шеппард возвращаются на Атлантиду с Земли на Дедале, когда на борту начинают происходить странные неполадки. Родни приходит к выводу, что в них виноват компьютерный вирус, загруженный Рейфами.