На Земле, в Командном Центре Звездных врат получена информация, что Гуа’улды, захватившие Трест, смогли проникнуть на Атлантиду и заложить там бомбу, которая сдетонирует, как только будет открыта червоточина на Землю – и это должно произойти через пару часов. Доктору Ли удается придумать способ, как с помощью Дедала вовремя переслать сообщение на Атлантиду, но и после этого опасность не миновала: бомба запустила сигнал бедствия, который привлек внимание крейсеров Рейфов. Пока МакКей и Кедмен пытаются найти способ спасти город, Вейр начала поиски лазутчика.

Испытание джампера после ремонта заканчивается неудачей, и корабль падает в океан. Лобовое стекло не выдержало давления воды, но МакКею удалось вовремя скрыться в заднем отсеке джампера. От сотрясения, полученного при падении, а также от вечной необходимости говорить с кем-то, его сознание порождает видение Саманты Картер. Пока МакКей спорит сам с собой о спасении, Шеппард и Зеленка готовят свою спасательную операцию.

Знакомство с очередным аграрным обществом приносит сюрприз. Жители деревни рассказывают, что планету многие поколения защищает некая Башня. На деле оказывается, что Башня чрезвычайно напоминает центральный шпиль Атлантиды, а защитное оружие – управляемые снаряды. Инцидент в деревне приводит к тому, что Шеппард вынужден посетить аудиенцию у Лорда-Защитника и попасть в самую гущу интриг Королевского Двора.

На орбите луны одной из планет команда атлантийцев находит две спасательные капсулы. Во время осмотра энергия переносит сознание женщины из капсулы в Вейр. Женщина сообщает, что их корабль был уничтожен Рейфами, и просит дать проститься с мужем, который покоится во второй капсуле. Когда сознание мужчины оказывается в Шеппарде, выясняется, что пара – не супруги, а старые враги, которые хотят свести прежние счеты.

Пока Шеппард расследует исчезновение команды майора Лорна, на Атлантиду прибывает один из Дженаев, объявленный у себя на родине вне закона. Он просит у доктора Вейр помощи в свержении шефа Кауэна. Элизабет готова согласиться, но только в обмен на МНТ. Когда на Атлантиду прибывает большая группа Дженаев, но модуль с собой не приносит, Вейр начинает подозревать ловушку. Тем временем Джон снова сталкивается с шефом Кауэном и узнает, что Дженаи решили захватить флот падл-джамперов, чтобы с их помощью уничтожать корабли Рейфов, жертвуя своими жизнями.

Молодой лейтенант приходит в сознание в медчасти Атлантиды, но ничего не помнит о своем прошлом. Из-за того, что все слишком внимательны к нему, Майкл начинает подозревать, что в его прошлом есть какая-то тайна. Выясняется, что он был Рейфом и стал объектом для испытания ретровируса доктора Бекетта, блокирующего ген жука Иратуса. Тем временем Ронон начинает подозревать, что внешнее обращение Рейфа в человека не изменило его сознания.

Команда Атлантийцев изучала технологию одной из планет, когда МакКей обнаружил, что одно из поселений находится прямо на гигантском вулкане, а частые землетрясения говорят о скором и неизбежном извержении. Вейр разрешает временно эвакуировать жителей на Атлантиде, но в это время вулкан просыпается и поглощает врата. Команда Шеппарда оказывается в ловушке на планете, единственный выход – неисправный корабль Древних, идентичный «Авроре», найденный на планете.

Междоусобные войны у Рейфов привели к тому, что Майкл, некогда обращенный ретровирусом Бекетта в человека, вернулся на Атлантиду вместе с небольшой группой своих единомышленников, чтобы предложить объединить усилия в борьбе против остальных Рейфов. Для этого Карсон должен придумать способ распространять ретровирус по воздуху. Но пока все надеются, что обрели новых союзников, подозрения не дают Ронону покоя.

В Антарктиде найден особый адрес Звездных Врат, который позволяет переместиться в далекую галактику Пегас, куда несколько миллионов лет назад ушли Древние вместе со своим легендарным городом Атлантидой. Однако экспедиция, отправившаяся туда, находит город пустым и погруженным под воду. МНТ истощены, энергии недостаточно ни на поддержание щита, ни на возвращение на Землю. Жители Атлантиды вынуждены искать новый дом в галактике Пегас.

Деревня Атозианцев переживает нападение Рейфов. Многие жители забраны на корабли-ульи. Вместе с ними и полковник Самнер. Оставшихся жителей майор Шеппард перемещает на Атлантиду, чем вызывает перегрузку щита и систем обеспечения. Но вместо затопления город поднимается на поверхность.