Майор Шеппард спасен подоспевшим на помощь Атлантиде земным крейсером Дедалом. Корабль привез на Атлантиду МНТ, над городом поднимают щит. В это время в городе найден лейтенант Форд, Рейф успел ввести в него фермент, который изменил Эйдена. C помощью ядерного оружия Дженаев и лучевой технологии Асгардов, Дедал сбивает несколько кораблей, но оставшихся слишком много.

Доктор Вейр, доктор МакКей и подполковник Шеппард возвращаются на Атлантиду с Земли на Дедале, когда на борту начинают происходить странные неполадки. Родни приходит к выводу, что в них виноват компьютерный вирус, загруженный Рейфами.

В поисках Форда команда подполковника Шеппарда попадает на планету, где находится Ронон Декс, беглец. Рейфы приходят в этот мир поохотиться на него, а он охотится на них. В его спину вставлен передатчик, поэтому Декс не может уйти отсюда. Бекетт готов помочь ему.

Стрела Рейфов подобрала доктора МакКея и лейтенанта Кедмен. Корабль сбит, но достать можно только одного. Случайно это оказывается Родни. Но так же оказывается, что Зеленка что-то напутал, поэтому в МакКее, кроме его сознания, живет сознание Кедмен.

Атлантийцы обнаружили планету, где врата находятся на острове, служащем тюрьмой. Заключенные были настроены крайне агрессивно, но официальные власти вовремя пришли на помощь гостям. Так команда Шеппарда обнаружила, что в галактике Пегаса, под самым носом у Рейфов, есть довольно продвинутая в техническом плане цивилизация. Подозрение вызывает лишь то, какую цену они платят за возможность такого развития.

На орбите одной из планет обнаружено множество обломков кораблей, явно погибших в ужасной битве. Некоторые из них определенно принадлежали Рейфам. На самой планете единственный уцелевший объект - оружейная установка Древних, но внимание МакКея привлекает ее источник питания, работающий он был бы лучше МНТ. Родни решает, что сможет исправить все ошибки Древних, восстановив и генератор, и оружие.

Деревенских жителей одной из планет терроризирует неизвестный монстр, по описанию подозрительно напоминающий Рейфа. Команда Шеппарда вызывается помочь местным жителям в его поимке. Через некоторое время поиски приводят их в пещеру, где живут пожилой мужчина и девочка-Рейф. Старик утверждает, что смог синтезировать препарат, помогающий Рейфу питаться обычной пищей.

Рана, полученная Шеппардом на предыдущем задании, неожиданно быстро затянулась. Через некоторое время все начинают замечать странности в поведении Джона. Доктор Бекетт обнаруживает, что в кровь подполковника попал ретровирус, который должен блокировать в ДНК Рейфов участки, доставшиеся им от жуков Иратуса, но действует прямо противоположным образом. Если команде врачей не удастся срочно восстановить Шеппарда на генетическом уровне, он превратится в насекомое.

Дальнейшее изучение технологий Атлантиды позволяет обнаружить корабль Древних на самой окраине галактики Пегаса. Команда Шеппарда на Дедале отправляется за ним, но обнаруживают, что Рейфы опередили их. Корабль-разведчик удается уничтожить, но приходится спешить, поскольку Рейфы успели вызвать помощь. На «Авроре» Атлантийцы находят несколько тысяч камер стазиса с чрезвычайно постаревшими Древними внутри. МакКей обнаруживает, что камеры поддерживают ментальную связь друг с другом, создавая некую виртуальную среду. Шеппард погружается в одну из камер, чтобы войти в сеть. Там он обнаруживает весь экипаж «Авроры», который спешит вернуться домой, не подозревая, что все окружающее не реально. Тем временем Ронон и Тейла находят в одной из камер Рейфа.

Во время одной из миссий неизвестные нападают на команду Шеппарда и проводят к себе на планету. Там выясняется, что эти люди – банда Форда, которую он посадил на фермент. Теперь они разрабатывают собственные операции против Рейфов. В одной из них им понадобилась помощь Шеппарда, для этого его команда и была захвачена, а чтобы в будущем доказать пользу фермента Вейр, Форд обманом и силой заставил принимать его всех, кроме Джона.