ТаняКа, да очень осмысленное сообщение

Ну, "миллионов лет" - вряд ли. Древние смогли добиться внушительных результатов значительно раньше. Да и люди Земли тоже как-то сами выползали из глухого средневековья.
А вот сотни тысяч лет у рейфов в наличии имелись, об этом говорил Тодд в эпизоде "Инфекция". Так что вполне возможен вариант самостоятельного развития, если учесть, что все технологии рейфов органические, а у Древних - упор на технику.

Возможно, что рейфы в начале своего существования людьми не питались.
Из сериала мы знаем, что Древние имели какое-то (не указано - какое именно) касательство к появлению рейфов, и что война между Древними и рейфами случилась за десять тысяч лет до того, как в Пегас попали земляне.

В качестве одного из вариантов развития событий можно предположить, что появление расы рейфов как-то связано с поисками способа вознесения Древними. Ведь они для вознесения использовали не только медитации, но и какие-то технические устройства. Возможно, что появление рейфов связано с каким-то неудачным экспериментом, вышедшим впоследствии из-под контроля. Или же просто забытым. Например, получили Древние "неполноценных" по их мнению существ и оставили на отдельно взятой планете. Сначала, может быть и следили, а потом другие заботы появились, и рейфы остались предоставлены самим себе на тысячелетия. Примечательно, что в сериале практически нигде не показана местная фауна. Возможно, что сначала рейфы питались энергией животных, а проба на человеке произошла случайно, и уже потом, когда отведали "человечины", рейфы не смогли отказаться от такого сильного энергетического источника.
Хотя инициацию рейфийской цивилизации Древними исключать, конечно, тоже нельзя. Всё могло быть.