События в фильме должны были происходить чуть позже того, что мы увидели в финале 5-го сезона. В первой же сцене два астронавта (которые оказываются всем нам знакомыми Амелией Бэнкс и майором Лорном) идут по поверхности луны, где их лунная прогулка заканчивается видом на проявляющеюся Атлантиду. Затем прибывает шаттл с Самантой Картер на борту и группой высокопоставленных лиц.

Их встречает команда ученых, во главе – кого же еще, как не – Родни МакКея. Разочарованный перерывом, который заставил прервать его исследования, МакКей демонстрирует свое нетерпение, проходя через стандартные объяснения, обзоры, вопросы, ответы, до тех пор, пока вдруг неожиданно не включается сирена. МакКей, Картер и Зеленка оставляют группу прибывших, чтобы выяснить, что произошло.

Проверка всех систем города выявила самое худшее. Включилась система саморазрушения – защита, как предположил Родни, установленная Древними, чтобы Атлантида никогда не могла покинуть галактику Пегас. И, однажды запустив которую, уже невозможно отключить. Ничего, кроме быстрого возвращения Атлантиды в Пегас не сможет спасти город от разрушения.

Тут же все члены экспедиции вызываются обратно на Атлантиду, для возвращения назад в Пегас: Тейла, Келлер, Бекетт, Лорн, Зеленка, Шеппард и Ронон. Как только все собираются, МакКей информирует их, что они должны возвратить Атлантиду в Пегас как можно быстрей. Это значит, что они должны будут использовать червоточный двигатель. Зеленка делает расчеты, которые показывают, что этот вариант возможен, но понадобится сделать два прыжка.

Атлантида отправляется в свой путь. Первый же прыжок заканчивается плачевно, двигатель сгорел и восстановлению не подлежит. Часы тикают. Однако, сканирование пространства выявило что по близости находится планета, пригодная для жизни. Они отправляются туда в поисках помощи, но вместо неё попадают в совершенно невероятное приключение, связанное с путешествием во времени, где Тодд, рейф, одновременно становится их самой опасной угрозой и самым близким союзником.